aoki wurde im Jahr 2001 von Andreas Otto Kierndorfer gegründet und ist ein inhabergeführtes Familienunternehmen. Den Grundstein für die Firmenentwicklung legten die Projektmöglichkeiten in der Arztsoftware. Sehr schnell ergänzten weitere Dienstleistungen wie Apothekenprojekte, Messeauftritte und Vertriebsangebote das aoki-Portfolio. Firmensitz war zunächst Neu-Ulm, doch schon im Jahr 2004 erfolgte der Umzug in eigene Geschäftsräume im bayrischen Roggenburg.

Den Fortbestand des Familienunternehmens sichert der Einstieg der nächsten Generation: Annalisa und Jocelyn Kierndorfer haben die Verantwortung in der Geschäftsführung der aoki gmbh und der aoki apotheken-vertrieb gmbh übernommen.